Berlin 1942. Bruno a 9 ans, et vit avec ses parents et sa soeur dans une belle maison. Son père, un officier nazi, vient d'avoir une promotion et ils déménagent hors de Berlin. Bruno est triste de se retrouver loin de tout, dans une lugubre maison. De sa fenêtre, il peut voir des silhouettes d'hommes, de femmes et d'enfants, tous vêtus de pyjamas rayés. Personne ne veut lui expliquer qui ils sont.

A Athena, dans le Mississippi, le bibliothécaire Charlie Harris coule des jours paisibles dans sa maison, en compagnie de Diesel, son fidèle maine coon connu de toute la ville. Un jour, le corps de Godfrey Priest, un célèbre auteur de thrillers originaire des environs et venu assister à un dîner de gala, est retrouvé inerte dans sa chambre d'hôtel. Charlie et son chat se lancent dans l'enquête.