Berlin 1942. Bruno a 9 ans, et vit avec ses parents et sa soeur dans une belle maison. Son père, un officier nazi, vient d'avoir une promotion et ils déménagent hors de Berlin. Bruno est triste de se retrouver loin de tout, dans une lugubre maison. De sa fenêtre, il peut voir des silhouettes d'hommes, de femmes et d'enfants, tous vêtus de pyjamas rayés. Personne ne veut lui expliquer qui ils sont.

Au coeur de la forêt russe, Ivan et Natacha vivent pauvrement avec leurs cinq filles. L'aînée est contrainte d'aller travailler chez Baba Yaga, connue pour dévorer les enfants...