Comment reprendre une vie normale après l'apocalypse ? L'Atrail, le mystérieux objet cubique qui est soudainement apparu devant Iori, se révèle être un outil bien commode pour réaliser tous ses souhaits. Mais s'il est mal utilisé, il peut provoquer la destruction de la planète. Cependant, ce danger éventuel n'empêche pas les deux organisations rivales, le Régime et l' Innovation , de convoiter l'Atrail et l'unique être humain capable de communiquer avec lui, c'est-à-dire Iori.