Suite au massacre de sa famille par le glacial mercenaire Sub-Zero, Hanzo Hasashi s'exile dans les limbes du Netherrealm où il va prêter allégeance au sinistre sorcier Quan Chi. Ce dernier va le ressusciter en tant que Scorpion, une âme vengeresse. Sur Earthrealm, Raiden rassemble de son côté une équipe de combattants d'élite : le moine Shaolin Liu Kang, l'officier des forces spéciales Sonya Blade, ainsi que la star de cinéma Johnny Cage. Pour sauver l'Humanité en péril, ils doivent remporter le Mortal Kombat et vaincre le maléfique Shang Tsung.