Tony Stark, inventeur de génie, vendeur d'armes et playboy milliardaire, est kidnappé en Afghanistan. Forcé par ses ravisseurs de fabriquer une arme redoutable, il construit en secret une armure high-tech révolutionnaire qu'il utilise pour s'échapper. Comprenant la puissance de cette armure, il décide de l'améliorer et de l'utiliser pour faire régner la justice et protéger les innocents.

Parce qu'il a découvert qu'une gorgone a usurpé l'identité du roi d'Argos, le jeune Persée est contraint de s'enfuir avec sa nourrice Lydie. Poursuivis par le terrible Narkissos, ils font la connaissance d'Elias, un pirate de pacotille accompagné de Thalès et Pythagore, ses deux matelots surdoués, et de Popi, un inventeur excentrique sourd comme un pot. Tout les oppose et pourtant, ils vont devoir s'allier pour déjouer le piège tendu par Méduse.

La mère de Persée n'a pas pu échapper au sortilège de la gorgone ! Afin de la libérer de ce maléfice, le jeune prince se rend à Atlantide dans l'espoir de trouver des réponses auprès de son célèbre oracle. Accompagné de Lydie, Élias, Thalès et Pythagore, la fine équipe qui ne fait pas dans la dentelle, il reçoit un accueil... contrasté. Et tout s'emballe lorsqu'un mystérieux guerrier fait son apparition et ravive un passé aussi douloureux que mystérieux.

L'araignée sympa du quartier décide de rejoindre ses meilleurs amis Ned, MJ et le reste de la bande pour des vacances en Europe. Cependant, le projet de Peter de laisser son costume de super-héros derrière lui pendant quelques semaines est rapidement compromis quand il accepte à contrecoeur d'aider Nick Fury à découvrir le mystère de plusieurs attaques de créatures, qui ravagent le continent !