Paulo est un petit spermatozoïde. Il vit à l'intérieur de monsieur Dupont avec 300 millions de camarades. Tous se préparent pour la Grande Course de natation qui se profile. Paulo se demande s'il a des chances de l'emporter car il se sait bon nageur mais la concurrence est rude.

Berlin 1942. Bruno a 9 ans, et vit avec ses parents et sa soeur dans une belle maison. Son père, un officier nazi, vient d'avoir une promotion et ils déménagent hors de Berlin. Bruno est triste de se retrouver loin de tout, dans une lugubre maison. De sa fenêtre, il peut voir des silhouettes d'hommes, de femmes et d'enfants, tous vêtus de pyjamas rayés. Personne ne veut lui expliquer qui ils sont.