Emma et Anaïs sont inséparables et pourtant tout les oppose. "Adolescentes" suit leur parcours depuis leur 13 ans jusqu'à leur majorité, cinq ans de vie où se bousculent les transformations et les premières fois. À leur 18 ans, on se demande alors quelles femmes sont-elles devenues et où en est leur amitié. À travers cette chronique de la jeunesse, le film dresse aussi le portrait de la France de ces cinq dernières années.

Notre monde touche à sa fin. Dans le sillage d'une apocalypse biologique, l'évolution des espèces s'est brutalement arrêtée, et les États-Unis sont désormais sous la coupe d'un gouvernement religieux et totalitaire qui impose aux femmes enceintes de se signaler. C'est dans ce contexte que Cedar Hawk Songmaker, une jeune Indienne adoptée à la naissance par un couple de Blancs de Minneapolis, apprend qu'elle attend un enfant. Déterminée à protéger son bébé coûte que coûte, elle se lance dans une fuite éperdue, espérant trouver un lieu sûr où se réfugier.