Berlin 1942. Bruno a 9 ans, et vit avec ses parents et sa soeur dans une belle maison. Son père, un officier nazi, vient d'avoir une promotion et ils déménagent hors de Berlin. Bruno est triste de se retrouver loin de tout, dans une lugubre maison. De sa fenêtre, il peut voir des silhouettes d'hommes, de femmes et d'enfants, tous vêtus de pyjamas rayés. Personne ne veut lui expliquer qui ils sont.

Tout commence le jour où Tonio, le fils du roi des ours, est enlevé par des chasseurs dans les montagnes de Sicile... Profitant de la rigueur d'un hiver qui menace son peuple de famine, le roi décide alors d'envahir la plaine où habitent les hommes. Avec l'aide de son armée et d'un magicien, il réussit à vaincre et finit par retrouver Tonio. Mais il comprend vite que le peuple des ours n'est pas fait pour vivre au pays des hommes...