Berlin 1942. Bruno a 9 ans, et vit avec ses parents et sa soeur dans une belle maison. Son père, un officier nazi, vient d'avoir une promotion et ils déménagent hors de Berlin. Bruno est triste de se retrouver loin de tout, dans une lugubre maison. De sa fenêtre, il peut voir des silhouettes d'hommes, de femmes et d'enfants, tous vêtus de pyjamas rayés. Personne ne veut lui expliquer qui ils sont.

Un jeune cochon et son père vivent au sommet d'une colline menacée par un gros nuage noir. Avant de partir combattre les brumes, le père construit un moulin à vent pour repousser le nuage et protéger la colline et ses habitants. Resté seul sans son père, le jeune cochon trouve du réconfort et aussi une famille d'adoption avec son ami le Renard. Ensemble, ils font toutes sortes de découvertes surprenantes...