Berlin 1942. Bruno a 9 ans, et vit avec ses parents et sa soeur dans une belle maison. Son père, un officier nazi, vient d'avoir une promotion et ils déménagent hors de Berlin. Bruno est triste de se retrouver loin de tout, dans une lugubre maison. De sa fenêtre, il peut voir des silhouettes d'hommes, de femmes et d'enfants, tous vêtus de pyjamas rayés. Personne ne veut lui expliquer qui ils sont.

Boy n'a jamais connu d'autre vie que celle de pickpocket. Orphelin, il vit dans les quartiers malfamés d'Edimbourg. Lors d'une vente aux enchères, il se fait prendre en plein vol par Jameson, propriétaire d'un zoo à Manchester. Pour éviter la prison, Boy l'aide à remporter le lot le plus prestigieux : l'éléphant Maharadjah. Tout de suite, un lien se crée entre l'animal et le garçon. Mais un concurrent de Jameson lui lance un défi fou : Maharadjah devra rejoindre Manchester à pied en moins de sept jours. Jameson tient le pari et demande à Boy de l'accompagner.