Prenez le large pour cette grande aventure dans la quête du One Piece ! Une aventure unique en solo ou à 2 joueurs, avec des personnages originaux d'Eiichiro Oda ainsi qu'un scénario exclusif au jeu. Luffy et son équipe font la connaissance de Pato, un raton-laveur aussi jovial que mystérieux qui possède l'étrange pouvoir de donner vie à n’importe quel dessin couché sur papier. Pour aider leur nouvel ami dans une mission délicate, ils acceptent de l’accompagner sur une île mystérieuse où un pirate diabolique nommé The Red Count kidnappera tour à tour les amis de Luffy.

Parce qu'il a découvert qu'une gorgone a usurpé l'identité du roi d'Argos, le jeune Persée est contraint de s'enfuir avec sa nourrice Lydie. Poursuivis par le terrible Narkissos, ils font la connaissance d'Elias, un pirate de pacotille accompagné de Thalès et Pythagore, ses deux matelots surdoués, et de Popi, un inventeur excentrique sourd comme un pot. Tout les oppose et pourtant, ils vont devoir s'allier pour déjouer le piège tendu par Méduse.

La mère de Persée n'a pas pu échapper au sortilège de la gorgone ! Afin de la libérer de ce maléfice, le jeune prince se rend à Atlantide dans l'espoir de trouver des réponses auprès de son célèbre oracle. Accompagné de Lydie, Élias, Thalès et Pythagore, la fine équipe qui ne fait pas dans la dentelle, il reçoit un accueil... contrasté. Et tout s'emballe lorsqu'un mystérieux guerrier fait son apparition et ravive un passé aussi douloureux que mystérieux.