Deux jeunes plongeurs ont remonté de l'épave d'un navire grec un vase représentant le combat de Thésée contre le minotaure. L'archéologue qui dirige l'expédition passe la nuit à leur raconter l'histoire de ce roi d'Athènes qui fut l'inventeur de la démocratie et le héros de nombreuses légendes et d'oeuvres d'art.

Parce qu'il a découvert qu'une gorgone a usurpé l'identité du roi d'Argos, le jeune Persée est contraint de s'enfuir avec sa nourrice Lydie. Poursuivis par le terrible Narkissos, ils font la connaissance d'Elias, un pirate de pacotille accompagné de Thalès et Pythagore, ses deux matelots surdoués, et de Popi, un inventeur excentrique sourd comme un pot. Tout les oppose et pourtant, ils vont devoir s'allier pour déjouer le piège tendu par Méduse.