Parce qu'il a découvert qu'une gorgone a usurpé l'identité du roi d'Argos, le jeune Persée est contraint de s'enfuir avec sa nourrice Lydie. Poursuivis par le terrible Narkissos, ils font la connaissance d'Elias, un pirate de pacotille accompagné de Thalès et Pythagore, ses deux matelots surdoués, et de Popi, un inventeur excentrique sourd comme un pot. Tout les oppose et pourtant, ils vont devoir s'allier pour déjouer le piège tendu par Méduse.

Alors que Dom Le Goff, 15 ans, joue sur son ordinateur en pleine nuit, l'écran devient noir. Des voix résonnent dans l'appartement, il se précipite. Une équipe du SAMU est là. Son père est mort en faisant l'amour avec une mystérieuse femme blonde qui a appelé les secours, puis s'est éclipsé. Qui est-elle ? Parmi les condoléances, Dom reçoit la lettre d'un homme qui a connu ses parents en Argentine à la naissance de leur fille… Oui mais voilà, Dom est fils unique ! Il aurait donc une soeur ?

La mère de Persée n'a pas pu échapper au sortilège de la gorgone ! Afin de la libérer de ce maléfice, le jeune prince se rend à Atlantide dans l'espoir de trouver des réponses auprès de son célèbre oracle. Accompagné de Lydie, Élias, Thalès et Pythagore, la fine équipe qui ne fait pas dans la dentelle, il reçoit un accueil... contrasté. Et tout s'emballe lorsqu'un mystérieux guerrier fait son apparition et ravive un passé aussi douloureux que mystérieux.