En regardant les nuages, un poussin voit les questions les plus folles se poser à lui. Pour y répondre, il va d'abord voir son grand-père et lui demande « Qui est venu en premier, l'œuf ou la poule ? ». Mais les réponses de son grand-père, puis de sa grand-mère ne le satisfont pas. Persévérant, il va alors à la rencontre du chien et du chat, personnalités importantes de la ferme, de leur voisin la chèvre, de la vache et du cheval, de l'oie et de l'épouvantail, et il ira même demander au fermier…

Parce qu'il a découvert qu'une gorgone a usurpé l'identité du roi d'Argos, le jeune Persée est contraint de s'enfuir avec sa nourrice Lydie. Poursuivis par le terrible Narkissos, ils font la connaissance d'Elias, un pirate de pacotille accompagné de Thalès et Pythagore, ses deux matelots surdoués, et de Popi, un inventeur excentrique sourd comme un pot. Tout les oppose et pourtant, ils vont devoir s'allier pour déjouer le piège tendu par Méduse.

La mère de Persée n'a pas pu échapper au sortilège de la gorgone ! Afin de la libérer de ce maléfice, le jeune prince se rend à Atlantide dans l'espoir de trouver des réponses auprès de son célèbre oracle. Accompagné de Lydie, Élias, Thalès et Pythagore, la fine équipe qui ne fait pas dans la dentelle, il reçoit un accueil... contrasté. Et tout s'emballe lorsqu'un mystérieux guerrier fait son apparition et ravive un passé aussi douloureux que mystérieux.