Jacob Portman, seize ans, écoute depuis son enfance les récits fabuleux de son grand-père. Ce dernier, un juif polonais, a passé une partie de sa vie sur une minuscule île du pays de Galles, où ses parents l'avaient envoyé pour le protéger de la menace nazie. Le jeune Abe Portman y a été recueilli par Miss Peregrine Faucon, la directrice d'un oprphelinat pour enfants "particuliers". Abe y côtoyait une ribambelle d'enfants doués de capacités surnaturelles, censées les protéger des "Monstres".Un soir, Jacob trouve son grand-père mortellement blessé par une créature qui s'enfuit sous ses yeux.

Dans le Londres d'aujourd'hui, Jacob Portman et Emma Bloom se lancent à la recherche de leurs amis enlevés par les Estres. Ils retrouvent leur trace grâce au flair aiguisé d'Addison, l'illustre chien particulier doué de parole. Ils rejoignent ainsi l'Arpent du Diable, une boucle temporelle à la réputation effroyable où séjournent les particuliers les moins recommandables...

Jacob Portman est de retour chez lui, en Floride, là où tout a commencé. Et cette fois, son rêve est devenu réalité : Miss Peregrine et les enfants particuliers sont à ses côtés. Ces derniers découvrent, fascinés, le monde moderne. Afin  de faciliter leur intégration, Jacob est chargé de leur donner des cours de normalité. Au programme : plage, baignade, et leçons particulières…Mais la découverte d'un mystérieux bunker dans la maison de son grand-père va tout changer. Persuadé qu'Abe lui a laissé des indices pour sauver des enfants particuliers isolés, Jacob entraîne ses amis sur les routes.

À 17 ans, Veronica a un avenir prometteur. Élève populaire et brillante, elle vient d'être admise dans une prestigieuse université et sa vie semble toute tracée. Pourtant, le jour où elle découvre qu'elle est enceinte, son monde s'écroule et toutes ses certitudes s'envolent. Elle n'est pas prête. Parfois, dans la vie, il y a des tests qu'on préfèrerait rater... Sa seule solution : se rendre dans une clinique à 1 627 kilomètres de chez elle. Désespérée, elle se tourne vers son ex-meilleure amie, Bailey, punkette affranchie, la seule à qui elle peut demander de l'aide.

Amari, 12 ans, croit que son frère Quinton, disparu depuis six mois, est vivant. Quand elle découvre une étrange mallette et une invitation à se rendre au mystérieux Bureau des affaires surnaturelles, la jeune fille n'hésite pas. Elle apprend que son frère est un agent de talent, responsable de l'arrestation de l'épouvantable magicien Raoul Moreau. Elle s'engage alors au sein de l'organisation.