Berlin 1942. Bruno a 9 ans, et vit avec ses parents et sa soeur dans une belle maison. Son père, un officier nazi, vient d'avoir une promotion et ils déménagent hors de Berlin. Bruno est triste de se retrouver loin de tout, dans une lugubre maison. De sa fenêtre, il peut voir des silhouettes d'hommes, de femmes et d'enfants, tous vêtus de pyjamas rayés. Personne ne veut lui expliquer qui ils sont.

En regardant les nuages, un poussin voit les questions les plus folles se poser à lui. Pour y répondre, il va d'abord voir son grand-père et lui demande « Qui est venu en premier, l'œuf ou la poule ? ». Mais les réponses de son grand-père, puis de sa grand-mère ne le satisfont pas. Persévérant, il va alors à la rencontre du chien et du chat, personnalités importantes de la ferme, de leur voisin la chèvre, de la vache et du cheval, de l'oie et de l'épouvantail, et il ira même demander au fermier…