Le Chapitaine adore les chats, qui sont plus nombreux sur son bateau que les marins. Les autres commerçants se moquent de lui. Mais un jour, il part en mer et aborde une petite île isolée. La jeune reine de l'île est ravie d'accueillir le Chapitaine et tous ses chats.

Les Minions ont évolué au cours des âges au service de maîtres plus abjects les uns que les autres. Les disparitions répétitives de ceux-ci, des tyrannosaures à Napoléon, ont plongé les Minions dans une profonde dépression. Mais l'un d'eux, Kevin, a une idée. Flanqué de Stuart, l'adolescent rebelle et de l'adorable petit Bob, Kevin part à la recherche d'un nouveau patron malfaisant pour guider les siens. Un palpitant voyage qui va les conduire à leur nouveau maître : Scarlet Overkill, la première superméchante de l'histoire.