Berlin 1942. Bruno a 9 ans, et vit avec ses parents et sa soeur dans une belle maison. Son père, un officier nazi, vient d'avoir une promotion et ils déménagent hors de Berlin. Bruno est triste de se retrouver loin de tout, dans une lugubre maison. De sa fenêtre, il peut voir des silhouettes d'hommes, de femmes et d'enfants, tous vêtus de pyjamas rayés. Personne ne veut lui expliquer qui ils sont.

À l'âge de 10 ans, Rémi est arraché à sa mère adoptive et confié au Signor Vitalis, un mystérieux musicien ambulant. À ses côtés il va apprendre la rude vie de saltimbanque et à chanter pour gagner son pain. Accompagné du fidèle chien Capi et du petit singe Joli-Cœr, son long voyage à travers la France, fait de rencontres, d'amitiés et d'entraide, le mène au secret de ses origines...