Berlin 1942. Bruno a 9 ans, et vit avec ses parents et sa soeur dans une belle maison. Son père, un officier nazi, vient d'avoir une promotion et ils déménagent hors de Berlin. Bruno est triste de se retrouver loin de tout, dans une lugubre maison. De sa fenêtre, il peut voir des silhouettes d'hommes, de femmes et d'enfants, tous vêtus de pyjamas rayés. Personne ne veut lui expliquer qui ils sont.

Paris, 1941. François Mercier est un homme ordinaire qui n'aspire qu'à fonder une famille avec la femme qu'il aime, Blanche. Il est aussi l'employé d'un joaillier talentueux, M. Haffmann. Mais face à l'occupation allemande, les deux hommes n'auront d'autre choix que de conclure un accord dont les conséquences, au fil des mois, bouleverseront le destin de nos trois personnages.