Rien ne va plus à l'Opéra. Le rôle de Marguerite dans le Faust de Gounod cherche une nouvelle voix suite au désistement mystérieux d'une première diva. Christine Daaé  est appelée pour la remplacer, son chant divin émerveille les spectateurs. Hélas elle disparait subitement. Raoul de Chaligny, éperdument amoureux d'elle, tente de la retrouver. Serait-elle perdue dans les bras... du fantôme de l'Opéra? 

Parce qu'il a découvert qu'une gorgone a usurpé l'identité du roi d'Argos, le jeune Persée est contraint de s'enfuir avec sa nourrice Lydie. Poursuivis par le terrible Narkissos, ils font la connaissance d'Elias, un pirate de pacotille accompagné de Thalès et Pythagore, ses deux matelots surdoués, et de Popi, un inventeur excentrique sourd comme un pot. Tout les oppose et pourtant, ils vont devoir s'allier pour déjouer le piège tendu par Méduse.

La mère de Persée n'a pas pu échapper au sortilège de la gorgone ! Afin de la libérer de ce maléfice, le jeune prince se rend à Atlantide dans l'espoir de trouver des réponses auprès de son célèbre oracle. Accompagné de Lydie, Élias, Thalès et Pythagore, la fine équipe qui ne fait pas dans la dentelle, il reçoit un accueil... contrasté. Et tout s'emballe lorsqu'un mystérieux guerrier fait son apparition et ravive un passé aussi douloureux que mystérieux.