Dans la vie des enfants Baudelaire, les choses avaient une nette tendance à aller toujours de travers. Suite à la perte de leurs parents dans un grand incendie, Violette, Klaus et Prunille, des enfants charmants et intelligents se retrouvent orphelins. Ils vont alors devoir se défendre face au comte Olaf, un homme cupide qui va les poursuivre en se dissimulant habilement sous la forme de différents personnages...

Parce qu'il a découvert qu'une gorgone a usurpé l'identité du roi d'Argos, le jeune Persée est contraint de s'enfuir avec sa nourrice Lydie. Poursuivis par le terrible Narkissos, ils font la connaissance d'Elias, un pirate de pacotille accompagné de Thalès et Pythagore, ses deux matelots surdoués, et de Popi, un inventeur excentrique sourd comme un pot. Tout les oppose et pourtant, ils vont devoir s'allier pour déjouer le piège tendu par Méduse.

La mère de Persée n'a pas pu échapper au sortilège de la gorgone ! Afin de la libérer de ce maléfice, le jeune prince se rend à Atlantide dans l'espoir de trouver des réponses auprès de son célèbre oracle. Accompagné de Lydie, Élias, Thalès et Pythagore, la fine équipe qui ne fait pas dans la dentelle, il reçoit un accueil... contrasté. Et tout s'emballe lorsqu'un mystérieux guerrier fait son apparition et ravive un passé aussi douloureux que mystérieux.