En 1942, convaincus que l'Allemagne nazie est en train de développer une arme nucléaire, les Etats-Unis initient, dans le plus grand secret, le projet "Manhattan" destiné à mettre au point la première bombe atomique de l'histoire. Pour piloter ce dispositif, le gouvernement engage J. Robert Oppenheimer, brillant physicien, qui sera bientôt surnommé "le père de la bombe atomique".

Naya Pika, sa mère Nora et leur ponette Crotte-de-Nez s'installent à Espérance Ville, en plein Far West. Bientôt, une famille d'ours est soupçonnée d'être à l'origine de plusieurs cambriolages. Grâce à la magie indienne dont elle a héritée de son père Mato, Naya mène l'enquête en compagnie de son nouvel ami Charles.