À peine sa confrontation avec Innoncent Zero terminée que de nouveaux ennemis se dressent sur la route de Mash : les examens scolaires ! Avec l'aide de ses amis, il doit tout faire pour obtenir la moyenne s'ils souhaite éviter le renvoi ! Par la suite, il se voit obligé de passer un entretien oral en préparation de l'épreuve finale... mais son examinateur n'est autre que le plus tolérant des Élus divins. Alors que les rivalités s'intensifient autour du titre tant convoité, les trois académies fourbissent leurs armes représentants en vue du grand tournoi !

Nathan est un écolier tout à fait ordinaire. Alors qu'il se promène dans les collines près de chez lui, il découvre Whisper, un Yo-Kai très bavard... Ce drôle de personnage lui offre une Yo-Kai Watch, une montre qui lui permet de révéler la présence des Yo-Kai autour de lui ! Nathan va s'en servir pour convaincre les Yo-Kai de devenir ses amis et d'utiliser leurs pouvoirs pour faire le bien. Le voilà embarqué dans une aventure extraordinaire !