Dans un charmant quartier résidentiel se dresse une bâtisse noire qui abrite Gru, un méchant vilain, entouré d’une myriade de sous-fifres et armé jusqu’aux dents, qui complote le plus gros casse de tous les temps : voler la lune… Gru affectionne toutes sortes de sales joujoux. Il possède une multitude de véhicules de combat aérien et terrestre et un arsenal de rayons immobilisant et rétrécissants avec lesquels il anéantit tous ceux qui osent lui barrer la route… jusqu’au jour où il tombe nez à nez avec trois petites orphelines qui voient en lui quelqu’un de tout à fait différent : un papa.

Ayant abandonné la super-criminalité et mis de côté ses activités funestes pour se consacrer à la paternité et élever Margo, Édith et Agnès, Gru, et avec lui, le Professeur Néfario et les Minions, doivent se trouver de nouvelles occupations. Alors qu'il commence à peine à s'adapter à sa nouvelle vie tranquille de père de famille, une organisation ultrasecrète, menant une lutte acharnée contre le Mal à l'échelle planétaire, vient frapper à sa porte.

Les Minions ont évolué au cours des âges au service de maîtres plus abjects les uns que les autres. Les disparitions répétitives de ceux-ci, des tyrannosaures à Napoléon, ont plongé les Minions dans une profonde dépression. Mais l'un d'eux, Kevin, a une idée. Flanqué de Stuart, l'adolescent rebelle et de l'adorable petit Bob, Kevin part à la recherche d'un nouveau patron malfaisant pour guider les siens. Un palpitant voyage qui va les conduire à leur nouveau maître : Scarlet Overkill, la première superméchante de l'histoire.