Léa, Deyann et Gabriel poursuivent leur mission de survivants en libérant les autres ruches et en apprenant aux autres communautés à désactiver les sentinelles. Dans l'une d'elles, ils découvrent des individus ayant subi des modifications génétiques. Quels secrets renferme le vaisseau Drach qui s'est écrasé ? Les mutations sont-elles en lien avec les extraterrestres ?

Tom et Léa partent en mission sur une plage déserte rechercher le troisième secret du bonheur. Un trois-mâts accoste sur l'île et les enfants font la connaissance d'Henry, un scientifique, qui les emmène à bord, malgré l'interdiction du capitaine. Ce dernier les découvre, mais une tempête l'empêche de les débarquer. Henry en profite pour leur faire visiter son laboratoire.