Fille d'immigrés russes, Anya est une lycéenne peu épanouie qui a l'impression de ne jamais être à sa place. En tombant dans un puits, elle rencontre Emily, le fantôme d'une jeune fille avec laquelle elle se lie d'amitié. Emily ne tarde pas à jalouser tout ce qui entoure la vie d'Anya.

Rahne Sinclair, Illyana Rasputin, Sam Guthrie et Roberto da Costa sont quatre jeunes mutants retenus dans un hôpital isolé pour suivi psychiatrique. Le Dr Cecilia Reyes, qui estime ces adolescents dangereux pour eux-mêmes comme pour la société les surveille attentivement et s'efforce de leur apprendre à maîtriser leurs pouvoirs. Lorsqu'une nouvelle venue, Danielle Moonstar, rejoint à son tour l'établissement, d'étranges événements font leur apparition.

Inspiré de faits réels, ÒAmsterdamÓ est une véritable épopée mêlant suspense et romantisme, au cours de laquelle trois amis très proches se retrouvent au centre de l'une des intrigues parmi les plus secrètes et scandaleuses de l'histoire américaine.