Kyôto, 1863. Nio et Iroha, deux jeunes orphelins sont manipulés par deux samouraïs, surnommés « Miburo » par les kyotoïtes, pour servir d'appâts afin d'arrêter un groupe de malfaiteurs kidnappant les enfants dans la capitale. Pour se faire pardonner, Sôji et Hijikata proposent à Nio de devenir le troisième loup. Ce dernier, lassé de voir les injustices de ce monde, accepte, bien déterminé à redresser cette société dont les enfants subissent les travers.

Nio est peu à peu accepté par les Miburo lorsque le groupe de samouraïs est contacté par le domaine d'Aizu pour mettre cinq dangereux meurtriers hors d'état de nuire.

Nio a rejoint les Miburo, un groupe de samouraïs qui assurent la protection de Kyoto. Pour sa première mission, il doit affronter des assassins sanguinaires et prendre les armes pour défendre sa conception de la justice. Il s'engage dans un combat sans merci face à ces hommes pour qui la justice a une signification différente...!