A Konoha, Boruto, le fils de Naruto, prépare l'examen qui lui permettra de passer ninja de moyenne classe. Il demande à Sasuke, le compagnon d'armes de son père, de l'accepter pour disciple.

La guerre n'est plus qu'un souvenir et la paix s'est installée durablement. Mais un ennemi qui ressemble étrangement à Kaguya apparaît et s'attaque à Killer Bee. Sasuke enquête en secret et rentre pour prévenir Naruto du danger. A Konoha, les étudiants préparent l'examen des ninjas pour passer ninja de moyenne classe. Boruto, le fils de Naruto, doit y participer avec Sarada et Mitsuki.

Boruto utilise de nouveau l'artefact de l'unité pendant la troisième épreuve. Lorsque Naruto le surprend, il disqualifie son fils.

Avec l'aide des pouvoirs surprenants d'Ada, Code, le survivant de Kara, s'attaque à Boruto et à ses amis. Naruto et les cadres de Konoha découvrent des marques de griffes aux alentours du village et renforcent la surveillance. Cependant, le comportement de Kawaki, qui admire Naruto, les plonge dans une situation inattendue !!