Jacob Portman, seize ans, écoute depuis son enfance les récits fabuleux de son grand-père. Ce dernier, un juif polonais, a passé une partie de sa vie sur une minuscule île du pays de Galles, où ses parents l'avaient envoyé pour le protéger de la menace nazie. Le jeune Abe Portman y a été recueilli par Miss Peregrine Faucon, la directrice d'un oprphelinat pour enfants "particuliers". Abe y côtoyait une ribambelle d'enfants doués de capacités surnaturelles, censées les protéger des "Monstres".Un soir, Jacob trouve son grand-père mortellement blessé par une créature qui s'enfuit sous ses yeux.

Dans le Londres d'aujourd'hui, Jacob Portman et Emma Bloom se lancent à la recherche de leurs amis enlevés par les Estres. Ils retrouvent leur trace grâce au flair aiguisé d'Addison, l'illustre chien particulier doué de parole. Ils rejoignent ainsi l'Arpent du Diable, une boucle temporelle à la réputation effroyable où séjournent les particuliers les moins recommandables...

Jacob Portman est de retour chez lui, en Floride, là où tout a commencé. Et cette fois, son rêve est devenu réalité : Miss Peregrine et les enfants particuliers sont à ses côtés. Ces derniers découvrent, fascinés, le monde moderne. Afin  de faciliter leur intégration, Jacob est chargé de leur donner des cours de normalité. Au programme : plage, baignade, et leçons particulières…Mais la découverte d'un mystérieux bunker dans la maison de son grand-père va tout changer. Persuadé qu'Abe lui a laissé des indices pour sauver des enfants particuliers isolés, Jacob entraîne ses amis sur les routes.

Miss Peregrine, changée en oiseau, est prisonnière de son état, suite à l'attaque des Estres. Les enfants particuliers n'ont plus qu'un espoir : trouver une Ombrune susceptible de rendre à la directrice de l'orphelinat sa forme humaine. Après avoir essuyé une tempête, le petit groupe d'enfants échoue sur une rive de Grande-Bretagne, alors que la Seconde Guerre fait rage. Aussitôt pris en chasse par des Estres, ils se réfugient, in extremis, dans une boucle temporelle. Là, vit une ménagerie d'animaux singuliers.

A la mort de son grand-père, Jacob découvre les indices et l'existence d'un monde mystérieux qui le mène dans un lieu magique : la Maison de Miss Peregrine pour Enfants Particuliers. Mais le mystère et le danger s'amplifient quand il apprend à connaître les résidents, leurs étranges pouvoirs et leurs puissants ennemis. Finalement, Jacob découvre que seule sa propre particularité peut sauver ses nouveaux amis.