Topu et Kozuki acculent Hiro et les Yojimbot. Ils essayent de se défendre au mieux, mais Hiro est sévèrement blessé et laissé pour mort alors que la destruction de la zone portuaire où ils sont prisonniers est imminente.

2241, Japon. Devenue inhabitable, la Terre n'abrite que des robots samouraïs, appelés Yojimbot. Un jour, l'un d'entre eux rencontre Hiro, un jeune garçon qui fuit une troupe armée avec son père. Le robot parvient à sauver Hiro et se charge ensuite de le protéger.

Déterminé à connaître la vérité sur le sort de sa famille, Hiro se rend compte que tout ce qu'il croyait n'était que mensonge. Piégé par Topu, il ne doit sa survie qu'au sacrifice d'un des Yojimbots et fait face à un nouveau robot particulièrement redoutable. Celui-ci pourrait être la clé des réponses aux questions que se pose Hiro.