L'équipage de l'Edens Zero a retrouvé Valkyrie... ou plutôt sa carcasse. Cette dernière a été lâchement tuée par la Dame écarlate. Non seulement Homura a perdu son maître, mais elle a également appris une terrible vérité de la bouche de sa vraie mère. Shiki, révolté par la peine qu'il décèle chez son amie, décide d'aller affronter seul la Dame écarlate...Dans la zone de travaux forcés, Rebecca et Wise doivent faire face aux assauts des trois calamités.