Kubo, aussi intelligent que généreux, gagne chichement sa vie en sa qualité de conteur dans un village de bord de mer. Cette petite vie tranquille va être bouleversée quand, par erreur, il invoque un démon du passé. Cet esprit malfaisant va abattre son courroux sur le village afin d'appliquer une vindicte ancestrale. Dans sa fuite, Kubo fait équipe avec Monkey et Beetle afin de sauver sa famille et percer le secret de la chute de son père, le plus grand samouraï que le monde ait connu.