Paulo est un petit spermatozoïde. Il vit à l'intérieur de monsieur Dupont avec 300 millions de camarades. Tous se préparent pour la Grande Course de natation qui se profile. Paulo se demande s'il a des chances de l'emporter car il se sait bon nageur mais la concurrence est rude.

Shoya Ishida est le caïd de sa classe. Terreur des cours de récréation, il fait les 400 coups avec ses camarades de classe. Son quotidien à l'école va être bouleversé par l'arrivée d'une nouvelle élève, Shoko Nishimiya, qui est atteinte de surdité. Douce et attentionnée, Shoko va attirer la sympathie de toute la classe, ou presque... D'abord d'une indifférence polie, Shoya va commencer à infliger des petites humiliations à Shoko. Puis, il finira par entraîner d'autres élèves dans la persécution quotidienne de la jeune fille jusqu'au jour où Shoko est soudainement déscolarisée.