La conception d'un "Wonder Zoo" n'est pas aussi facile qu'il y paraît. Il faut d'abord choisir un thème, puis trouver les plus beaux animaux, et enfin attirer des foules de visiteurs enthousiastes ! Dans WonderZoo, vous faites cela en choisissant à chaque tour une tuile parmi celles disponibles sur la table, puis en la plaçant sur votre plateau de jeu personnel, en connectant les chemins qui doivent continuer d'une tuile à l'autre.

Shoya Ishida est le caïd de sa classe. Terreur des cours de récréation, il fait les 400 coups avec ses camarades de classe. Son quotidien à l'école va être bouleversé par l'arrivée d'une nouvelle élève, Shoko Nishimiya, qui est atteinte de surdité. Douce et attentionnée, Shoko va attirer la sympathie de toute la classe, ou presque... D'abord d'une indifférence polie, Shoya va commencer à infliger des petites humiliations à Shoko. Puis, il finira par entraîner d'autres élèves dans la persécution quotidienne de la jeune fille jusqu'au jour où Shoko est soudainement déscolarisée.