Shoya Ishida est le caïd de sa classe. Terreur des cours de récréation, il fait les 400 coups avec ses camarades de classe. Son quotidien à l'école va être bouleversé par l'arrivée d'une nouvelle élève, Shoko Nishimiya, qui est atteinte de surdité. Douce et attentionnée, Shoko va attirer la sympathie de toute la classe, ou presque... D'abord d'une indifférence polie, Shoya va commencer à infliger des petites humiliations à Shoko. Puis, il finira par entraîner d'autres élèves dans la persécution quotidienne de la jeune fille jusqu'au jour où Shoko est soudainement déscolarisée.

Fidèle à son poste chaque matin, un vieil homme entretient l'île dont il est le dernier habitant. Voilà près de dix ans qu'il n'a plus de nouvelles de ceux qui vivaient là autrefois, ni du reste de l'humanité. Les corps qui viennent parfois s'échouer sur les plages ne laissent rien présager de bon, mais l'homme poursuit vaillamment sa tâche – colmatant, repeignant, rafistolant. Jusqu'au jour où il repère une silhouette échouée sur le rivage. C'est une femme, elle est encore en vie. C'est le début d'une étrange cohabitation. La fin du monde attendra.