Berlin 1942. Bruno a 9 ans, et vit avec ses parents et sa soeur dans une belle maison. Son père, un officier nazi, vient d'avoir une promotion et ils déménagent hors de Berlin. Bruno est triste de se retrouver loin de tout, dans une lugubre maison. De sa fenêtre, il peut voir des silhouettes d'hommes, de femmes et d'enfants, tous vêtus de pyjamas rayés. Personne ne veut lui expliquer qui ils sont.

Shoya Ishida est le caïd de sa classe. Terreur des cours de récréation, il fait les 400 coups avec ses camarades de classe. Son quotidien à l'école va être bouleversé par l'arrivée d'une nouvelle élève, Shoko Nishimiya, qui est atteinte de surdité. Douce et attentionnée, Shoko va attirer la sympathie de toute la classe, ou presque... D'abord d'une indifférence polie, Shoya va commencer à infliger des petites humiliations à Shoko. Puis, il finira par entraîner d'autres élèves dans la persécution quotidienne de la jeune fille jusqu'au jour où Shoko est soudainement déscolarisée.