Wise a été gravement touché. Rebecca et Happy filent sur  le Belial Gore pour lui apporter un médicament qui pourrait  le sauver. Sur le trajet, ils sont confrontés à Sylphe du vent  qui parvient à les emprisonner. Shiki et Homura tentent de les secourir, mais ils sont aussitôt stoppés par Sylphe et son frère.  L'affrontement contre Drakkhen se précise, mais l'avenir  s'assombrit brusquement pour l'équipage de l'Edens Zero... 

Attiré par le gain potentiel qu'il représente, Drakkhen Joe, l'alchimiste des ténèbres, a pris en chasse l'Edens Zero. Shiki et sa bande ont, quant à eux, quitté Sun Jewel après avoir vaincu la Dame écarlate, et ils décident de surprendre leur poursuivant en prenant l'initiative. Quelles seront les conséquences de leur opération d'infiltration ? Des affrontements qui dépassent l'entendement s'apprêtent à éclater au cours de ce terrible duel entre Edens Zero et Drakkhen Joe !

Shiki, Rebecca et Happy, aventuriers en herbe, se sont lancé le défi d'aller rencontrer “Mother”, la déesse du Cosmos. Ensemble, ils décident de se rendre sur la planète Norma où vit le vieux docteur Wise, qui sera en mesure de leur fournir un nouveau vaisseau très perfectionné pour atteindre leur objectif. Malheureusement, des événements inattendus viennent bouleverser tous leurs plans ! Ils doivent faire face à un jeune homme qui dit aussi s'appeler “Wise” et à une bande de pirates aux intentions plus que floues... C'est déjà le branle-bas de combat pour nos nouveaux héros !

Xiaomei, la liseuse du  temps, a révélé à Shiki et ses amis que Valkyrie se trouvait sur Sun  Jewel, la planète des joyaux,  contrôlée par la  Dame écarlate et réputée comme l'un des lieux les plus paisibles de tout le  cosmos.

Il faut changer l'avenir catastrophique qui s'annonce ! Armé des informations détenues par Rebecca, l'équipage de l'Edens Zero passe à l'action et attaque le Belial Gore.  Leur mission : libérer Laviria. Malheureusement, l'entrée  en scène d'un individu inattendu vient perturber leurs plans... Shiki et ses amis doivent par ailleurs affronter  les Element 4, mais aussi le terrible Drakkhen Joe !

Le vaisseau que Shiki a reçu de la part d'Erzy, la pirate du Cosmos, s'avère être celui sur lequel naviguait le Grand Démon Ziggy ! En tant que successeur de ce dernier, Shiki en devient l'héritier officiel. Assisté de Witch, l'une des Quatre Étoiles brillantes, de Rebecca et de son fidèle Happy, il décide de partir à la recherche des trois autres Étoiles afin de poursuivre sa quête de “Mother” !

L'équipage de l'Edens Zero a retrouvé Valkyrie... ou plutôt sa carcasse. Cette dernière a été lâchement tuée par la Dame écarlate. Non seulement Homura a perdu son maître, mais elle a également appris une terrible vérité de la bouche de sa vraie mère. Shiki, révolté par la peine qu'il décèle chez son amie, décide d'aller affronter seul la Dame écarlate...Dans la zone de travaux forcés, Rebecca et Wise doivent faire face aux assauts des trois calamités.

Shiki et son équipage sont à la recherche de Valkyrie, la dernière Étoile brillante du Grand Démon. Sur les conseils de Harmit, ils se rendent sur la planète du temps où ils font la connaissance d'une mystérieuse jeune fille. Celle qu'on appelle la voyante légendaire est prête à leur révéler l'emplacement de Valkyrie, mais à une seule condition...Pendant ce temps, Drakkhen Joe, l'Alchimiste des ténèbres qui sème la terreur dans Cosmos Sakura, s'intéresse dangereusement à l'Edens Zero...La grande aventure se poursuit dans l'espace infini… Et nul ne peut dire jusqu'où elle ira !