Shiki, Rebecca et Happy, aventuriers en herbe, se sont lancé le défi d'aller rencontrer “Mother”, la déesse du Cosmos. Ensemble, ils décident de se rendre sur la planète Norma où vit le vieux docteur Wise, qui sera en mesure de leur fournir un nouveau vaisseau très perfectionné pour atteindre leur objectif. Malheureusement, des événements inattendus viennent bouleverser tous leurs plans ! Ils doivent faire face à un jeune homme qui dit aussi s'appeler “Wise” et à une bande de pirates aux intentions plus que floues... C'est déjà le branle-bas de combat pour nos nouveaux héros !

Shiki et ses compagnons se rendent sur la planète Guilst, repaire de tous les brigands de l'univers, afin de secourir Rebecca. Ils doivent alors affronter Rogue Out, la bande de mercenaires qui l'a enlevée. À leur grande surprise, leur chef s'avère être “Sister”, l'une des Quatre Étoiles brillantes du Grand Démon qu'ils recherchent !Mais la situation se complique brusquement : le Croque-mitemps, monstre dévoreur d'espace-temps s'approche dangereusement de Guilst...Nos héros vont-ils survivre à ce cataclysme imminent ?! Et quel secret Sister détient-elle ?!

Afin de libérer Harmit, la troisième  Étoile brillante du  Grand  Démon, l'équipage de l'Edens  Zero  fait un plongeon numérique sur  Digitalis, la planète super  virtuelle. Ils découvrent alors qu'ils sont tombés au cœur d'un monde à la merci d'un tueur en série très cruel !  Pour ne rien arranger, la trahison d'un compagnon les place face à un nouvel ennemi...  Dans un environnement  des plus  hostile, Shiki et ses amis  vont devoir se surpasser pour  sauver l'âme d'Harmit,  très affectée par des actes malveillants !

Le vaisseau que Shiki a reçu de la part d'Erzy, la pirate du Cosmos, s'avère être celui sur lequel naviguait le Grand Démon Ziggy ! En tant que successeur de ce dernier, Shiki en devient l'héritier officiel. Assisté de Witch, l'une des Quatre Étoiles brillantes, de Rebecca et de son fidèle Happy, il décide de partir à la recherche des trois autres Étoiles afin de poursuivre sa quête de “Mother” !

L'équipage de l'Edens Zero a retrouvé Valkyrie... ou plutôt sa carcasse. Cette dernière a été lâchement tuée par la Dame écarlate. Non seulement Homura a perdu son maître, mais elle a également appris une terrible vérité de la bouche de sa vraie mère. Shiki, révolté par la peine qu'il décèle chez son amie, décide d'aller affronter seul la Dame écarlate...Dans la zone de travaux forcés, Rebecca et Wise doivent faire face aux assauts des trois calamités.

Attiré par le gain potentiel qu'il représente, Drakkhen Joe, l'alchimiste des ténèbres, a pris en chasse l'Edens Zero. Shiki et sa bande ont, quant à eux, quitté Sun Jewel après avoir vaincu la Dame écarlate, et ils décident de surprendre leur poursuivant en prenant l'initiative. Quelles seront les conséquences de leur opération d'infiltration ? Des affrontements qui dépassent l'entendement s'apprêtent à éclater au cours de ce terrible duel entre Edens Zero et Drakkhen Joe !

Shiki et son équipage sont à la recherche de Valkyrie, la dernière Étoile brillante du Grand Démon. Sur les conseils de Harmit, ils se rendent sur la planète du temps où ils font la connaissance d'une mystérieuse jeune fille. Celle qu'on appelle la voyante légendaire est prête à leur révéler l'emplacement de Valkyrie, mais à une seule condition...Pendant ce temps, Drakkhen Joe, l'Alchimiste des ténèbres qui sème la terreur dans Cosmos Sakura, s'intéresse dangereusement à l'Edens Zero...La grande aventure se poursuit dans l'espace infini… Et nul ne peut dire jusqu'où elle ira !

Wise a été gravement touché. Rebecca et Happy filent sur  le Belial Gore pour lui apporter un médicament qui pourrait  le sauver. Sur le trajet, ils sont confrontés à Sylphe du vent  qui parvient à les emprisonner. Shiki et Homura tentent de les secourir, mais ils sont aussitôt stoppés par Sylphe et son frère.  L'affrontement contre Drakkhen se précise, mais l'avenir  s'assombrit brusquement pour l'équipage de l'Edens Zero... 

Azel et Emma sont chargés par les Chevaliers des Sept Étoiles d'enquêter sur les étranges disparitions qui ont lieu dans la Forêt des Esprits. Dès leur arrivée, le groupe est séparé par un Nightmare. Emma se fait transformer en statue de pierre par la reine Lamie, un Nightmare ayant pris le contrôle de la Forêt... Azel va donc devoir l'affronter pour sauver ses amis !

Il faut changer l'avenir catastrophique qui s'annonce ! Armé des informations détenues par Rebecca, l'équipage de l'Edens Zero passe à l'action et attaque le Belial Gore.  Leur mission : libérer Laviria. Malheureusement, l'entrée  en scène d'un individu inattendu vient perturber leurs plans... Shiki et ses amis doivent par ailleurs affronter  les Element 4, mais aussi le terrible Drakkhen Joe !